По геоботаническому районированию заповедник находится в широколиственнолесной области, у ее северной границы. Северная часть его относится к Припятско-Мозырскому комплексу лесных массивов, а запад ная и южная - к Южнополесскому.
Во флоре заповедника 827 высших растений 400 родов и 99 семейств, в том числе 4 вида плаунов, 7 - хвощей, 9 - папоротников, 3 - голосеменных и 802 вида покрытосеменных.
В заповеднике произрастают все 25 видов древесных пород, известных в Белоруссии, а кустарников - 33 вида, примерно половина видового состава республики.
По сравнению с флорой Белорусского Полесья флора заповедника более ксерофильна. В ней больше голарктических и евросибирских элементов и меньше европейских.
В заповеднике много редких растений. Из них хвощ большой и молочай язычковый найдены в Белоруссии впервые. В Красную книгу СССР занесены 4 вида - арника горная, пыльцеголовник красный, волчеягодник боровик, осока теневая; в Красную книгу БССР - 18 видов: баранец обыкновенный, хвощ большой, сальвиния плавающая, кувшинка белая, прострел широколистный, зубянка клубненосная, рододендрон желтый, первоцвет весенний, наперстянка крупноцветковая, колокольчики рапунцель и персиколистный, хохлатка полая, касатики безлистный и сибирский, лилия саранка, любки зеленоцветковая и двулистная, дремликтемно-красный.
Флора заповедника представлена лесными, луговыми, болотными, водными и немногими рудеральными видами растений.